职务犯罪案件逮捕权提到上一级检察院，无疑能显著增强对自侦部门的监督和制，但是这项改革也在一定的程度上存在诸多的问题，如有违级别管辖的诉讼原理，错案赔偿责任方面难以界定、缺少异议沟通机制等诸多方面，应该说，制度改革的初衷是好的，笔者就试着从法理入手，并结合司法实践，探讨如何对出现的弊端进行必要的规制，使原本良好的改革制度发挥应有的作用：
1、有违刑事诉讼法和刑事诉讼规则关于级别管辖的诉讼原理，致使诉讼关系发生混乱。
众所周知，逮捕是刑事诉讼中一个相当重要的环节，省级以下职务犯罪案件逮捕权上移至上一级人民检察院，无疑将一个职务犯罪案件原先完好的诉讼关系打乱，出现一个职务犯罪案件由基层检察院侦查、上一级检察院批捕、基层检察院起诉的局面。
很显然，违反了《人民检察院刑事诉讼规则》第十三条关于级别管辖的规定，“人民检察院对直接受理的案件实行分级立案侦查的制度。分、州、市人民检察院侦查本辖区的重大犯罪案件，基层人民检察院立案侦查本辖区的犯罪案件”，诉讼规则规定的是一般情况下由各检察院分级管辖，虽然第十四条规定，“上级人民检察院在必要的时候，可以直接侦查或组织、指挥、参与侦查下级人民检察院管辖的案件 ，也可以将本院管辖的案件交由下级人民检察院侦查；下级人民检察院认为案情重大、复杂、需要由上级人民检察院侦查的案件，可以请求移送上级人民检察院侦查”，但是该第十四条指的是案件的整体全部上移（全部上移不会出现诉讼关系的混乱），而不是只是像此次改革中所指的只是移其中逮捕一个环节，故此易使以往本身很稳定的关系被打乱。
2、在错案赔偿责任方面难以界定。
我国《国家赔偿法》第十九条规定，“对没有犯罪事实的人错误逮捕的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。二审改判无罪的，作出一审判决的人民法院和作出逮捕决定的机关为共同赔偿义务机关”。可见，在我国刑事诉讼活动中，逮捕的意义非同寻常，直接关系着人是否被羁押的一项重要人权，这次职务犯罪逮捕权上提一级从完善自我监督来说，确实有着更为实质性的进步，但是如果在运行中发生了逮捕，那么责任由谁来承担。有权必有责，现在改革只是从良性方面来说的，对责任承担还没有及时予以相应的及时明确，对此，笔者认为，应遵从“谁是权力主体谁担责任”的法理，应规定，当发生错案时，应该将赔偿责任主体定为基层院的上一级检察院。
3、上级院的调控能力丧失，对不捕决定不服的案件缺少异议沟通机制。
江苏省检察机关侦查监督办案工作流程第七十条规定，侦查机关可以对本院侦查监督科的不批捕决定，可以提出复议，对复议决定不服的可以向上一级检察机关进行复核，……可见