刑事不起诉是我国刑事诉讼中的一项重要制度，它通过赋予检察机关一定的自由裁量权，使其对具体刑事案件加以筛选分流，从而达到节约司法资源，降低诉讼成本、教育和感化当事人的目的。但是，由于立法上的缺陷，阻碍了不起诉制度内在价值的实现。因此，有必要对不起诉制度进行深入分析和反思，有针对性地加以完善。
一、不起诉制度概述
刑事不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件和自行侦查终结的案件进行审查后，认为犯罪嫌疑人的行为不符合起诉条件或没有必要起诉的，依法作出不将犯罪嫌疑人提交人民法院进行审判，追究刑事责任的一种处理决定。[1]
我国不起诉制度是在1979年刑事诉讼法免予起诉制度的基础上，进一步修改完善而形成的。不起诉制度本质上是法律赋予检察机关一种程序上的处分权力，是对公安机关或自侦部门侦查终结的案件在交付人民法院审判前再作一次筛选和过滤，依法将不适合提起公诉的案件作出不将案件提交法院进行审判的活动。它是一种消极的公诉权，与提起公诉权共同构成了刑事公诉制度。这一制度通过1996年刑事诉讼的修订，在我国刑事诉讼法中得到进一步完善，2012年修改的刑事诉讼法不仅保留了原有的不起诉制度，而且增加了对未成年人刑事案件的附条件不起诉制度。它对于保护当事人的合法权益、降低诉讼成本、减少诉累、教育和感化当事人乃至构建以“审判为中心”的司法改革等方面都发挥着十分重要的作用。
然而，在司法实践中，检察机关很少行使该不起诉权，这既有其自身的原因，也有制度设计方面的原因。就制度设计方面而言，对于不起诉的案件，刑事诉讼法没有赋予检察机关任何处罚权。一旦作出不起诉决定，检察机关只能提出检察意见，移送有关机关处理，难以保证“案结事了”。从司法实践的运作情况来看，由于当初立法对不起诉制度缺乏全面正确的理解，加之制度本身设计的一些缺陷，使得不起诉制度的内在价值很难在司法实务中得到实现。为了使检察机关对案件分流的这一法定职权得到充分行使，不起诉制度内在的诉讼经济价值得以真正实现，我们有必要对现行不起诉制度进行深入的分析和反思，找出制度设置的缺陷所在，有针对性地加以改进和完善，从而进一步强化和完善不起诉制度。
二、不起诉制度在立法及司法运行中的缺陷
2012年修改后的刑事诉讼法仍然规定了三种不同的不起诉制度，即法定不起诉、酌定不起诉和存疑不起诉。规定虽然在理论上进一步明晰了不起诉制度本身所具有的法律价值，同时对不同种类的不起诉制度的适用范围、标准和程序等方面也作了更为细致的规定，使之更具可操作性。但从多年的司法实践来看，现行不起诉制度无论是其自身设置还是在司法实践中的运作都存在着不少问题